Here’s the Mukundashtakam in Malayalam script:

1. 
   ഭൂന്ദാർക്കസഞ്ജ്ഞം ത്രിദശേശവന്ദ്യം 
   മന്ദാരമാലാലലിതാംഗഭൂഷം। 
   പുണ്യാവതാരം പുരുഹൂതസാരം 
   വന്ദേ മഹശ്രീകരമിന്ദിരായാഃ॥

2. 
   ശ്രീവത്സധാമശ്ചിദചിന്ത്യരൂപം 
   ലക്ഷ്മീകടാക്ഷഗ്രഹിതാംഗരാഗം। 
   ശ്രീരംഗനാഥം കരുണാരസാർദ്രം 
   വന്ദേ മഹശ്രീകരമിന്ദിരായാഃ॥

3. 
   നീലോത്പലശ്യമലകോമലാംഗം 
   സീതാസമേതം സുരവൃന്ദവന്ദ്യം। 
   ലക്ഷ്മീകടാക്ഷഗ്രഹിതാംഗരാഗം 
   വന്ദേ മഹശ്രീകരമിന്ദിരായാഃ॥

4. 
   ചന്ദാനുല്ലസദ്ബാലചന്ദ്രാസ്യനൃപം 
   മന്ദാരമാലാലലിതാംഗഭൂഷം। 
   നാരായണം ശ്രീധരമദ്വിതീയം 
   വന്ദേ മഹശ്രീകരമിന്ദിരായാഃ॥

5. 
   ബ്രഹ്മാദയോ യത്ര നികേതനാനി 
   സ്വായംഭുവാദീനി പുരാണി യസ്യ। 
   संसारസാരം സുരകന്ദമോദം 
   വന്ദേ മഹശ്രീകരമിന്ദിരായാഃ॥

6. 
   മന്ദാരമാലാകലിതാലകം യം 
   ശ്രുത്വാ സരോഹാസ്ഫുരതേ മനഃ। 
   ശക്രാദിദേവൈഃ സുരസംഘസേവ്യം 
   വന്ദേ മഹശ്രീകരമിന്ദിരായാഃ॥

7. 
   ശ്രീമാന്യുവാസാൻമലയാചലാദ്രേഃ 
   രത്നാകരം രത്നശുഭേന്ദ്രനിലം। 
   സേവ്യമാര്യമ്മുനിഭിഃ പ്രപന്നൈഃ 
   വന്ദേ മഹശ്രീകരമിന്ദിരായാഃ॥

8. 
   സ്തുത്യം സുരൈഃ സിദ്ധനുതം മണീഷീ 
   വന്ദേ മഹശ്രീകരമിന്ദിരായാഃ॥ 
   ത്വം ശ്രേയസാം ശ്രേയതമോ മുകുന്ദോ 
   ത്വം പാപിനാം പാപതമഃ കൃപാബ്ധിഃ॥

This version is in Malayalam script, allowing Malayalam speakers to read and recite the Mukundashtakam in their native script.